Kamijo Touma vive en Ciudad Academia, una ciudad dedicada a los experimentos científicos y a la formación académica en donde la mayoría de los ciudadanos son estudiantes, y un porcentaje importante de los edificios son escuelas de diferentes niveles. Una serie de acontecimientos atípicos llevan a Touma a descubrir la existencia de Neccesarius, una organización religiosa que usa la magia y que es una fuerza opositora a los Espers del "lado de la ciencia" de Ciudad Academia, los que usan poderes psíquicos. En el marco de una serie de conflictos entre magos y psíquicos, Touma conoce gente que cambia su vida, como su compañera inseparable Index, y deberá tomar decisiones que decidirán la victoria de uno u otro bando. Pero a Touma no le importa la ideología de ninguno y lo que hace es por proteger a las personas importantes para él. En esta segunda temporada de "To Aru Majutsu no Index", Touma ya cuenta con aliados de ambos bandos.