La historia de Strange+ gira en torno a una agencia de detectives un tanto peculiar. El protagonista de la serie, un muchacho llamado Kou, acude a los suburbios para buscar a Takumi, su hermano mayor que desapareció años atrás. Takumi dirige ahora la Agencia de Detectives Mikuni, por lo que a pesar de que Kou insiste en llevarlo de vuelta a su hogar, éste rehuye la idea. Así es como el muchacho acaba trabajando para la agencia, haciendo las tareas más extrañas que uno pueda imaginar.