La historia se centra en los 16 años de edad, protagonista después de que se transfiere a Shujin High School en Tokio. Estar con los amigos de sus padres, se encuentra con dos compañeros de estudios, niño problema Ryuuji Sakamoto y retirado una Takamaki, y una conversación, criatura similar a un gato que cambia de forma conocida como Morgana. Durante su tiempo allí, sintiéndose suprimida por su entorno, los cuatro forman un grupo conocido como los "ladrones Phantom," trabajar juntos para llevar a cabo robos y encontrarse con fenómenos misteriosos en el camino.