El mundo se ha visto transformado de forma repentina debido a la aparición de unos monstruos conocidos como "Dragones". No pasan mucho antes de que comiencen a nacer unas chicas llamadas "D", las cuales tienen los poderes de los dragones. Un chico llamado Yuu Mononobe es el único chico "D" del mundo, aunque su existencia se mantiene en secreto. Un día, se vera obligado a ingresar en Midgar, una academia para las chicas "D", donde su primer contacto con la estudiante Iris implica el verla desnuda. Si eso no fuera suficiente problema, en su nueva escuela volverá a reunirse con su hermana pequeña, Mitsuki, de la que se separó hace mucho tiempo.