Segunda Temporada de Free!: La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado estár en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club de natación: Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras conseguir la victoria, cada uno de los chicos siguió su propio camino. El tiempo ha pasado, y en mitad del instituto, Rin aparece y reta a Haruka a una carrera, demostrando a este lo bueno que es. Haruka no quiere que eso acabe así, así que reúne de nuevo a Makoto y a Nagisa, así como a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki, para formar el club de natación del Instituto Iwatobi. Haruka, Makoto Nagisa, Rei y Rin vivirán juntos una historia de natación, juventud y amistad.