El mundo estaba a punto de ser destruida por último la desesperación, que causó "el, acontecimiento más trágico más grande, más terrible en la historia humana." Con el fin de salvar a este mundo del caos del evento, se formó la Fundación Futuro. Aunque la organización continúa con sus actividades de restaurar el mundo, Makoto Naegi está bajo sospecha de traición que se le debe proteger a los restos de la desesperación. Los miembros de la Fundación Futuro habían reunido para decidir sobre su castigo, pero todos terminan siendo atrapados en el interior del lugar se reunían por Monokuma, que exige que comienzan la "matanza final." Tienen extraños brazaletes puestos en sus muñecas, y se les da tranquilizantes cuando llega un momento determinado. Para empeorar las cosas, no parece ser que es un verdadero traidor entre sus filas que está llegando a matar a los miembros de la Fundación Futuro.