Los estudiantes regresan como la escuela reanude su funcionamiento para el segundo semestre. Después de sus hazañas en la isla durante las vacaciones de verano, la clase 3-E sigue afilar sus cuchillas con la vista puesta en su maestro, el escurridizo Koro-sensei. Ellos tienen más que preocuparse de que sólo su maestro, sin embargo, como asesinos enemigos, tanto antiguos como nuevos, están fuera de la mayor recompensa por la cabeza del pulpo. Por otra parte, sus rivales en la clase A, así como director temible Kunugigaoka Secundaria , soporte para bloquear la Clase E de alcanzar la excelencia académica. Con todos estos obstáculos oponerse a ellos, el grupo debe seguir trabajando juntos con el fin de superar sus enemigos y llevar a cabo su objetivo de asesinar con éxito su maestro.